Riqueza de especies de mamiferos

Introducción

Carga de Paquetes

# Carga de paquetes
library(tidyverse)
library(DT)
library(plotly)
library(ggplot2)
library(sf)
library(rgdal)
library(raster)
library(terra)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(ggthemes)
library(hrbrthemes)
library(viridisLite)
library(readr)
library(RColorBrewer)

Carga de Datos

Código

regiones <-
  st_read(
    dsn = "regiones_socioeconomicas_simp_10m.geojson",
    quiet = TRUE
          )|>
  st_transform(4326)

mamiferos <-
  st_read("mamiferos.csv",
          options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", 
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )
# Asignacion de CRS WGS84
st_crs(mamiferos) <- 4326

Tabla de riqueza de especies de mamíferos en regiones socioeconómicas

Código

# Unión espacial de mamiferos y regiones
mamiferos_union_regiones <- 
  st_join(
    x = mamiferos,
    y = dplyr::select(regiones, region),
    join = st_within
  )



# Conteo de la cantidad de especies de mamiferos en regiones
riqueza_especies_mamiferos_regiones <-
  mamiferos_union_regiones |>
  st_drop_geometry() |>
  group_by(region) |>
  summarize(riqueza_especies_mamiferos = n_distinct(species, na.rm = TRUE))



# Unión (no espacial) de regiones y riqueza de especies
regiones_union_riqueza <-
  left_join(
    x = regiones,
    y = dplyr::select(riqueza_especies_mamiferos_regiones, region, riqueza_especies_mamiferos),
    by = "region"
  ) |>
  replace_na(list(riqueza_especies_mamiferos = 0))

# Despliegue de los datos de riqueza de especies en regiones
regiones_union_riqueza |>
  st_drop_geometry() |>
  dplyr::select(region, riqueza_especies_mamiferos) |>
  arrange(desc(riqueza_especies_mamiferos)) |>
  datatable(
    colnames = c("Región", "Riqueza de Especies de Mamíferos"),
    options = list(
      pageLength = 5,
      language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
    )
  )

Mapa de riqueza de especies de mamíferos en regiones socioeconómicas

Código

# Paleta de colores de riqueza de especies
colores_riqueza_especies <-
  colorNumeric(
    palette = "Reds",
    domain = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,
    na.color = "transparent"
  )

# Paleta de colores de especies
colores_especies <- colorFactor(
  palette = viridis(length(unique(mamiferos$species))), 
  domain = mamiferos$species
)

# Mapa leaflet
leaflet() |>
  setView(
    lng = -84.19452,
    lat = 9.572735,
    zoom = 7) |>
  addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
  addProviderTiles(
    providers$Esri.WorldImagery, 
    group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
  ) |> 
  addPolygons(
    data = regiones_union_riqueza,
    fillColor = ~ colores_riqueza_especies(regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),
    fillOpacity = 0.8,
    color = "black",
    stroke = TRUE,
    weight = 1.0,
    popup = paste(
      paste("<strong>Región:</strong>", regiones_union_riqueza$region),
      paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Riqueza de especies"
  ) |>
  addScaleBar(
    position = "bottomleft", 
    options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
  ) |>    
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_riqueza_especies,
    values = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,
    group = "Riqueza de especies",
    title = "Riqueza de especies"
  ) |>
  addCircleMarkers(
    data = mamiferos,
    stroke = F,
    radius = 4,
    fillColor = ~colores_especies(mamiferos$species),
    fillOpacity = 1.0,
    popup = paste(
      paste0("<strong>Especie: </strong>", mamiferos$species),
      paste0("<strong>Región: </strong>", mamiferos$region),
      paste0("<strong>Fecha: </strong>", mamiferos$eventDate),
      paste0("<strong>Fuente: </strong>", mamiferos$institutionCode),
      paste0("<a href='", mamiferos$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
      sep = '<br/>'
    ),    
    group = "Registros de presencia"
  ) |>  
  addLayersControl(
    baseGroups = c(
      "Mapa general (OpenStreetMap)", 
      "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
    ),
    overlayGroups = c(
      "Riqueza de especies",
      "Registros de presencia"
    )
  ) |>
  addResetMapButton() |>
  addSearchOSM() |>
  addMouseCoordinates() |>
  addFullscreenControl() |>
  hideGroup("Registros de presencia")